Het Grondwettelijk Hof vernietigt het nieuwe artikel 5.7.1 VCRO wegens een schending van het gelijkheidsbeginsel. Het Hof motiveerde de vernietiging onder meer als volgt:

“B.10.5. Ondanks die waarborgen, veroorzaakt het bestreden artikel evenwel een dermate aanzienlijke achteruitgang met betrekking tot het leefmilieu dat het niet redelijk verantwoord is dat niet in inspraakmogelijkheden is voorzien. Het daaruit volgende verschil in behandeling is des te minder verantwoord nu in de regel wijzigingen in bestemmingsvoorschriften worden doorgevoerd via de vaststelling van een ruimtelijk uitvoeringsplan waarbij inspraakmogelijkheden wel aanwezig zijn, zoals nader bepaald in hoofdstuk II (« Ruimtelijke uitvoeringsplannen ») van de Vlaamse Codex Ruimtelijke Ordening. Er is geen enkel motief van algemeen belang op geldige wijze aangevoerd ter ondersteuning van die aanzienlijke achteruitgang in het recht op de bescherming van een gezond leefmilieu.”

Het Grondwettelijk Hof had eerder in het arrest wel vastgesteld dat de VCRO zelf niet te beschouwen is als een plan of een programma welke onder de werkingssfeer van de richtlijn 2001/42/EG valt zodat geen milieubeordeling noodzakelijk is:

Hoewel het toepassingsgebied van de richtlijn 2001/42/EG ruim moet worden geïnterpreteerd nu zij ertoe strekt een hoog niveau van milieubescherming te waarborgen en hoewel bepaalde handelingen van reglementaire aard in bijzondere omstandigheden dienen beschouwd te worden als « plannen » of « programma’s » die onder de werkingssfeer van die richtlijn vallen, blijft de vaststelling overeind dat noch regelgeving als zodanig, noch wetgeving als zodanig, onder de werkingssfeer van de richtlijn zijn gebracht. Oordelen dat de Vlaamse Codex Ruimtelijke Ordening of bepaalde onderdelen ervan onder de werkingssfeer van de richtlijn vallen, zou erop neerkomen dat elke wetgeving en elke regelgeving die aanzienlijke effecten op het milieu kan hebben, overeenkomstig de richtlijn aan een milieubeoordeling zou moeten worden onderworpen.